Iako neki povjesničari misle da je u Cetinskoj krajini već u 13. st. postojao franjevački samostan, pa da je od prodora Mongola bio razrušen, za to ne postoje konkretni dokazi i nalazi. No, prema pisanim i sačuvanim dokumentima početak dolaska franjevaca u Cetinski kraj i u Sinj započinje u drugoj polovici 14. stoljeća pod okriljem Ivana Nelipića, vrlo moćnog hrvatskog velikaša, cetinskog i humskog kneza…
Naime nakon smrti svoga oca vojvode Nelipca II. Cetinskog (1344.), moćnoga gospodara Knina, hrvatsko-ugarski kralj Ludovik I. Anžuvinac (1342.-1382.) da bi uništio moć velikaša i plemića te ojačao svoj položaj u Hrvatskoj, htio je doći u posjed svih gradova što ih je Nelipić držao. Prema konačnom ugovoru s kraljem Ludovikom iz 21. studenoga 1345. kralj je sebi uzeo gradove: Knin, Počitelj, Srb, Ostrog i Unac s njihovim pripadajućim župama, a Ivanu Nelipiću daje svoj kraljevski grad Sinj (castrum nostrum regale Zyn) i važnu potvrdu cetinskog kneštva nad Sinjem. Upravo te 1345. se u povijesti prvi put i spominje ime ”Sinj” (Vsinj), naziv za utvrdu na kamenoj uzvisini, visokoj 438 metara iznad staroga ilirskoga naselja Osini, a ispod tvrđave se nalazila varoš, zvana kao Cetina, Cetin-grad, i tada Sinj zapravo postaje grad cetinskih knezova.
Foto: Matea Režek
Cetinski knez Ivan Nelipić kao pravi katolik, vjeran crkvi i Bogu, zbog velikih simpatija prema samostanima, redovnicima, posebice franjevcima, uz blagoslov pape Inocenta VI. dobio je (30. travnja 1357.) dopuštenje za gradnju franjevačkog samostana i crkve svete Marije na prostoru koji se zove Kula, na kojem se danas nalazi vojarna HV ”Petar Berislavić”. Pod tadašnjom zaštitom moćnog Nelipića samostan je pripadao Bosanskoj vikariji uz veliki broj franjevaca tako da se ubrzo stvorila Cetinska kustodija čiji se kustos spominje od godine 1372. Kao sjedište velike kustodije polovicom 15 stuljeća pripadali su mu i samostani Cetine pod Sinjem, Vrlike, Knina, Skradina, Visovca, Karina i Klisa.
Kada su Turci 1490. spalili samostan i spomenutu crkvu, papa Inocent VIII je 23. svibnja 1492. uputio pismo poljičkom knezu Žarku Dražojeviću da se obnovi crkva ispod bedema grada Vsinja. Sam Papa potiče sve vjernike da milostinjom pomognu tu crkvu popraviti i uzdržati. Crkva i samostan tada su vjerojatno obnovljeni ali su, kao i cijela Cetinska krajina, i dalje trpjeli udarce osmanskih osvajača dok konačno Sinj nije pao pod njihovu vlast, neki izvori navode 1524. a neki 1536., izdajom nekog Ivana Bilića, te ostao pod Turčinom sljedećih 150 godina. Franjevci su se razbježali. Većim dijelom su se s uskocima sklonili pod Klis, a kad je pao Klis (1537.), u Senj. Prije prvog turskog zauzimanja Sinja/prva polovica 16. stoljeća, franjevci su napustili grad i sa sobom ponijeli brojne arhivske dokumente, spise, dragocjenosti, među kojima je bio i pergamenski Kodeks Biblije iz 14. stoljeća. Odnijeli su ga na Trsat, a danas se nalazi u Madridu. Dok su se drugi sklonili u Ramu u srednju Bosnu.
Foto: Matea Režek
U vrijeme Morejskog rata (1683.-1699.) kada je Sinj konačno oslobođen od turskog jarma, gonjeni strahom od osmanske odmazde franjevci su odlučili napustiti svoju ramsku župu, te krenuti prema Sinju i oslobođenoj Cetini kamo su i prije povremeno zalazili kao duhovni pastiri. Najmasovnija seoba življa nakon oslobođenja Sinja u rujnu 1686. se dogodila u listopadu 1687. godine pod vodstvom franjevaca – njih 15 – iz Livna, Duvna, Kupresa, Glamoča, Rame i područja niže Mostara, na čelu sa fra Pavlom Vučkovićem, ali i seobe Hercegovaca i Poljičana 1691. godine. Sa sobom su, uz druge predmete, donijeli i sliku Majke od milosti, kako se tada nazivala slika Gospe Sinjske. Nakon kratkog boravka u Dugopolju, smjestili su se početkom 1688. godine u opatiju Sv. Stjepana (Sustipan) u Splitu. Godine 1690. dobili su zemlje u Sinju oko muslimanske mošeje. Godinu dana kasnije, franjevci su se ipak vratili u Sinj i mošeju pretvorili u crkvu Sv. Franje a minaret u zvonik. Međutim, taj položaj nije bio zadovoljavajući i stoga su oni na zemlji ispod tvrđavice Kamičak, koju su dobili 1695. godine već 1699. počeli graditi novu crkvu prema nacrtima Ivana Macanovića Ragužanina. Gradnju je izvodio Andrija Ruspini iz Bergama. Crkva završena tek 1714. godine. Uz središnju lađu imala je četiri pobočne kapele i apsidu. Međutim, osmanska je vojska već 1715. godine zapalila novosagrađenu crkvu.
Foto: Željko Zrnčić
Kad su osmanski osvajači 1715. godine opljačkali Cetinsku krajinu, uništili tvrđavu Kamičak, opustošili Zagoru do Drniša i Vrlike, vojnička posada se povukla u sinjsku tvrđavu. S njima je bilo nekoliko franjevaca s Gospinom slikom. Napad na tvrđavu počeo je 8. kolovoza, a posljednji juriš bio je 14. kolovoza uoči blagdana Velike Gospe. Međutim, brojem i oružjem neusporedivo nadmoćnija osvajačka vojska neočekivano i neobjašnjivo se povukla. Branitelji i narod bili su uvjereni da je relativno maloj i iscrpljenoj posadi pomogla Majka Božja u predvečerje njezinog blagdana – Uznesenja Marijina (Velika Gospa). Zahvalni vojnici i časnici skupili su između sebe 80 cekina i dali izraditi zlatnu krunu kojom je splitski nadbiskup Stjepan Cupilli okrunio Sliku 22. rujna 1716. godine. Iako su franjevci nastojali da se Slika ponovno postavi u crkvu pod Kamičkom, ipak ona je neko vrijeme ostala u tvrđavi, jer je nisu htjeli dati časnici ni branitelji. Nakon više godina suprotstavljanja, sam je mletački dužd zapovjedio da se Slika preda franjevcima. Tako je Slika prenesena u novu crkvu 1721. godine.
Foto: Matea Režek
Nakon rata crkva se sporo popravljala, te je pokrivena tek 1723. godine. Godine 1733. napravljen je drveni Gospin oltar na koji je postavljena slika Majke od Milosti, koju su, zahvaljujući brojnim štovateljima i hodočasnicima izvan Sinja i Cetinske krajine, poslije čudesne obrane Sinja 1715. godine, upravo oni počeli nazivati Gospom Sinjskom, a taj je naziv vremenom općeprihvaćen. Slika je navodno naslikana krajem XVI ili početkom XVII stoljeća. Štovala se u Rami i prije dolaska u Sinj. Godine 1758. za Sliku je napravljen srebrni okvir. On je 1766. dobio ukrasne dodatke. Okvir je 1973. godine popravio akademski kipar Ante Jakić.
Foto: Boris Filipović Grčić
Godine 1743. podignut je mramorni oltar sv. Ante, a 1750. napravljena su još dva oltara, sv. Josipa i sv. Paškala. Sliku sv. Josipa naslikao je Toma Giazi. Mramorni barokni oltar Gospe Sinjske, kao zavjetni dar cijele Cetinske krajine, završen je 1795. godine. Kad je god. 1803., na spomendan sv. Paulina (22. VI.) grȁd uništio sve usjeve, Sinjani su se utekli svecu i zasijali proso i drugo sjeme tako da nije bilo gladi. Stoga su oltar na dnu crkve posvetili sv. Paulinu. Njegovu je sliku naslikao Nikola Blašković.
28. studenog 1769. godine Sinj je napola porušio potres u kojem je stradala i crkva. Pri obnovi crkve srušene su kapelice sagrađene prema Macanovićevu nacrtu. Nutarnji zid je podijeljen s trima visokim lukovima u kojima su postavljeni oltari. Između stupova su prozori a na pročelju velika ruža. Time je crkva dobila jednostavni oblik koji je uglavnom sačuvala do danas. Crkva je godine 1862. obnovljena. Zidovi su podignuti za nekoliko redova kamenja.